Ole Halfdan Larsen og Anne Marie Gerdes mener at de stadig billigere helgenom sekventeringer åbner for en ladeport af muligheder.

Helgenomanalyser bliver billigere og billigere

På få år er prisen på analyse af genomet styrtdykket, og faldet fortsætter. Dermed er området inde i en transition - fra exom sekventering til kortlægning af hele genomet. To eksperter analyserer udviklingen.

Engang - i en ikke fjern fortid - var det rasende dyrt at kortlægge genomet.

Sådan er det ikke længere, og den udvikling åbner - ifølge to specialister - en ladeport af nye muligheder.

Ole Halfdan Larsen er ledende overlæge ved Molekylær Medicinsk Afdeling ved Aarhus Universitetshospital. Han påpeger, at prisen er vigtig for at udnytte de store fordele ved gensekventering.

“Prisen har afgjort noget at sige ift. hvor mange, som kan få tilbudt gensekventering. Og prisen er gået hastigt ned over en årrække,” fastslår han og uddyber:

”Når vi løbende får bedre værktøjer og databaser, kan kortlægningen gøres hurtigere og billigere, og vi arbejder meget ihærdigt på at gøre det mere effektivt. Det er et område, hvor der hele tiden kommer ny viden til. Det er en meget dynamisk udvikling, vi ser.”

Første prøver er dyrest

Ifølge Ole Halfdan Larsen er de første par hundrede prøver typisk de dyreste. Dernæst får man bedre og bedre mulighed for at opbygge en omkostningseffektiv infrastruktur.

“Med det setup, vi aktuelt anvender hos patienter med aktiv cancersygdom, koster det ca. 15.000 kr. at tilvejebringe data, da man både undersøger patientens tumor samt en blodprøve,” siger han og tilføjer:

”Dertil kommer den molekylærbiologiske fortolkning ved den enkelte patient, som kræver specialiseret og veluddannet personale. Nogle cases kan tage lang tid.”

Det er et billede, som Anne-Marie Axø Gerdes kan genkende. Hun er professor og overlæge på Klinisk Genetisk Afdeling på Rigshospitalet.

“Prisen for genetiske analyser og genomanalyser er faldet dramatisk de seneste fem-10 år.  I min afdeling betaler vi omkring 10.000 kr. for kemidelen af analysen af hele genomet.

Dernæst skal vi fortolke alle genvarianterne, og det er i virkeligheden her, vi ser en flaskehals. Kunsten er at finde den relevante genvariant blandt de mange genvarianter i en patient, og det koster yderligere ca. 5.000 kr. pr patient,” forklarer hun.

En transitionsfase

Ole Halfdan Larsen fortæller, at området for gensekventering befinder sig i en fase, hvor man går fra exom sekventering til sekventering af hele genomet.

“Vi er i en transitionsfase. Der er en kompressor på prisen, og prisforskellen mellem exom sekventering og genomsekventering bliver mindre og mindre. I dag er det nogle få tusinde kroner, der skiller det ad,” siger han og uddyber:

“Derfor kan man med fordel få hele informationen fra genomet med. Både for at lave den bedst mulige diagnostik for patienten nu. Men også for på et senere tidspunkt f.eks. at kunne lave en ny analyse af arvelige ændringer, hvis det bliver relevant for patienten.”

Gennem de senere år har Molekylær Medicinsk Afdeling ved Aarhus Universitetshospital typisk fordoblet output af data hvert år.

”Vi står dermed midt i en eksponentiel stigning. Tilbuddet er stadig for de få, men det bliver relevant for flere og flere patienter, og rigtig mange danskere vil få tilbudt at få kortlagt deres genom i fremtiden,” siger han.

At gensekventering løbende bliver endnu mere automatiseret, er Anne-Marie Axø

Gerdes også enig i:

“I dag er der imidlertid stadig meget ’håndholdt nørderi’ forbundet med analysen. Det skyldes især, at vi har begrænset viden om, hvad de forskellige genvarianter betyder i forhold til sygdom,” siger hun og svarer bekræftende på, om man teoretisk set kan udlicitere en del af processen til andre lande med lavere lønninger.

“I princippet ja. Men så ville man nok få nogle helt andre problemer. Det kræver for det første en masse særlige tilladelser mht. dataudveksling og beskyttelse af privatlivet og anonymitet,” siger hun og tilføjer, at hvis man finder en genvariant, betyder det meget, hvor patienten stammer fra.

“Så skal det sammenlignes med dansk referencemateriale, hvor man f.eks. ser på hyppigheden i befolkningen. Dernæst er det vigtigt at koble viden om patientens sygdom og eventuelt også patientens familiehistorik med de påviste genvarianter for at vurdere dem korrekt. Det er altså vigtigt at have at have et nationalt setup,” siger hun og peger på Nationalt Genom Center som et eksempel på viden i Dammark.

Giver ekstra datalag

At flere får mulighed for at kortlægge deres arvemasse vil i høj grad betyde noget for i hvilken grad, man fremover kan målrette medicin. Det påpeger Ole Halfdan Larsen.

“Vi får et datalag mere, som gør, at vi kan hæve kvaliteten i mange andre forhold. F.eks. kan man sikre sig, hvilken medicin der virker mest hensigtsmæssigt på den enkelte. Du kan sige, at vi er i gang med at opbygge og målrette kapacitet og kompetencer i sundhedsvæsenet,” siger han.

Ole Halfdan Larsen mener dog, at man skal være forsigtig med at sige, hvornår analysen af hele genomet er udbredt til mange, siden kliniske landvindinger i sidste ende tager tid. Og langt de fleste har allerede et godt tilbud i dag.

“Men vi er på en rejse, hvor vi tager de teknologiske spring, så vi er i stand til at gribe mulighederne. Her er det også vigtigt at være opmærksom på, at Danmark jo er et lille land, og masser af viden bliver skabt uden for landets grænser. Det skal vi følge med i og implementere til gavn for danske patienter. Det kræver en solid infrastruktur her i Danmark,” fastslår han.

To årsager til genomanalyser

Anne-Marie Axø Gerdes understreger, at man grundlæggende kan dele genetiske analyser op i to: Den første, der bunder i en arvelig sygdom eller mistanke herom. Her er det de medfødte genforandringer og blodprøver, det handler om.

Og den anden del, der angår patienter med en kendt kræftsygdom. Her undersøger man kræftvævet/svulsten.

“Kræft er en genetisk sygdom forstået på den måde, at der er genforandringer i selve kræftcellerne, der er årsag til sygdommen – men det er som regel ikke nedarvede genforandringer. Hvis man kan påvise specifikke forandringer i generne i kræftcellerne, kan man målrette behandlingen derefter,” siger Anne-Marie Axø Gerdes og påpeger, at man i dag kan få tilbudt gendiagnostik, hvis man har arvelige sygdomme i familien eller mistanke herom.

“Det er forskelligt, hvor gavnligt det er for den enkelte patient, men vi oplever, at der i større og større omfang udvikles medicin til patientgrupper, som tidligere ikke kunne behandles effektivt,” siger hun.

Man bevæger sig således over mod, at alle får et tilbud om genetisk analyse af kræften, men det er f.eks. ikke rutinemæssigt at tilbyde genetiske analyser til f.eks. alle patienter med brystkræft endnu. Man benytter dog i mindre målestok genetisk analyse til brystkræftpatienter for at finde ud af, hvilken type brystkræft, der er tale om.

“Vi tilbyder en genundersøgelse for arvelig brystkræft til dem, hvor der er mistanke om en arvelig sygdom. Her bliver patienten informeret om muligheden samt om fordele og ulemper ved en gentest,” siger Anne-Marie Axø Gerdes og uddyber:

“Fordelen er udover en mere målrettet behandling også viden om en ny kræftsygdom, så der evt. kan iværksættes forebyggende tiltag.”

Etiske udfordringer

Ved en undersøgelse af hele genomet vil man, inden blodprøve tages, skulle tage stilling til, om man vil have tilbagemelding på såkaldte tilfældighedsfund eller sekundære fund. Det kunne være en brystkræftpatient, som skal beslutte, om hun ønsker tilbagemelding om fund, der viser en øget risiko for en helt anden sygdom.

Anne-Marie Axø Gerdes, som i øvrigt er formand for Det Etiske Råd, understreger, at der ligger nogle dilemmaer her.

Måske er det bedst at være uvidende om sine fremtidige kvaler?

“Ja. Derfor er det vigtigt, at patienten bliver rådgivet godt og empatisk. Man kan dermed sige ‘ja tak’ eller ‘nej tak’ på et oplyst grundlag,” svarer hun og tilføjer:

“En ting er jo, man kan få påvist en alvorlig kræftsygdom. Men skal patienten også tage stilling til hele sit arvemateriale med alle de dilemmaer, det kan give? Det skal lægen og patienten vurdere sammen. Det er altid en vanskelig afvejning af, hvor aktiv man som læge skal være med at introducere muligheden for, at patientens sygdom er arvelig, hvis patienten ikke selv bringer det på bane.”

Ole Halfdan Larsen kender også til de etiske udfordringer. Han understreger, at man skal sikre, at tilbuddet er på patientens præmisser.

“Det er som patient svært at gøre sig klart, hvad det vil betyde at kende sit arvemateriale, inden man rent faktisk ved det. Og man kan jo ikke slette sin viden bagefter,” siger han og tilføjer:

“Det kan især være svært at vurdere, hvis man står i en presset situation med en kræftdiagnose. Her er det vigtigt at give grundig information og tage en god drøftelse med

patienten.”

 

MINI –VOX POP

Hvornår er gens:ekventering så udbredt, at alle med en kræftdiagnose får tilbudt at få kortlagt sit genom?

Ole Halfdan Larsen, ledende overlæge ved Molekylær Medicinsk Afdeling ved Aarhus Universitetshospital

“Der går altid mere tid, end man tror. Men i disse år går vi fra, at det er for de få, til det bliver for de mange. Således kan man forestille sig, at vi indenfor 10 år får det her bagtæppe af genomiske data for alle kræftpatienter. Det kan hjælpe med at hæve kvaliteten i behandlingen.”

Anne-Marie Axø Gerdes, professor og overlæge ved Klinisk Genetisk Afdeling på Rigshospitalet

“Lidt friskt vil jeg sige, at alle kræftpatienter får det tilbudt inden for de næste fem år. Mht. til raske personer vil der gå meget længere tid, idet der er en række problemer med f.eks. at fortolke og vurdere genvarianter.”

Artiklen har været bragt i Medicinske Tidsskrifters magasin om onkologi fra december 2021