Dansk CRISPR-studie giver klinisk gennembrud: Sjældne BRCA2-varianter kan nu klassificeres funktionelt

Usikkerhed om betydningen af BRCA2-varianter er en væsentlig udfordring i genetisk rådgivning, risikovurdering og behandling af arvelig bryst- og æggestokkræft. Med den stigende brug af genetiske paneler får flere patienter konstateret sjældne varianter af ukendt betydning (VUS), hvilket ofte efterlader både patienter og klinikere uden klare svar på risiko.

Et nyt dansk studie giver nu for første gang mulighed for at klassificere størstedelen af disse BRCA2-varianter funktionelt og klinisk. Resultaterne, offentliggjort i The Journal of Clinical Investigation, viser, at hovedparten af 54 analyserede VUS i BRCA2’s PALB2-binding domain nu kan tolkes enten som likely benign eller likely pathogenic – et gennembrud, der kan ændre praksis for risikovurdering og rådgivning.

Arvelige patogene BRCA2-varianter er forbundet med markant forhøjet livstidsrisiko for både bryst- og æggestokkræft. I det nye studie angives risikoen for brystkræft til cirka 69 procent og for æggestokkræft til 17 procent blandt kvinder med en sygdomsfremkaldende variant, hvilket er langt højere end for befolkningen generelt. Den øgede udbredelse af genetisk testning har dog ført til, at klinikere i stigende grad står overfor patienter med VUS, hvor betydningen for sygdomsrisiko er ukendt.

Maria Rossing understreger i en pressemeddelelse den kliniske betydning af problemet:

”Det er ubetrådt land. Hidtil har vi blot kunne informere patienterne om, at de har en genmutation af ukendt betydning, ligesom de behandlende læger ikke har kunnet bruge informationen i behandlingen.”

Usikkerheden kan få store konsekvenser for både patient og familie, fordi den forhindrer en målrettet indsats for tidlig opsporing, risikoreduktion og behandling.

Metode og resultater

Den nye funktionelle metode, CRISPR-Select, er udviklet på Biotech Research and Innovation Center (BRIC) på Københavns Universitet og testet på Afdeling for Genomisk Medicin på Rigshospitalet. Ved hjælp af CRISPR-Select indsatte forskerne specifikke genvarianter i cellelinjer og vurderede deres funktion, blandt andet ved at udsætte cellerne for kemoterapi (PARPi, cisplatin og mitomycin C). Resultaterne fra laboratorietesten blev kombineret med internationale retningslinjer for variantklassifikation.

I studiet blev 54 sjældne VUS i PALB2-binding domain af BRCA2 systematisk analyseret. De fleste blev klassificeret som likely benign (n=45) eller likely pathogenic (n=4), mens kun fem forblev ubestemte. Markant funktionelt deficit blev især påvist for varianter i exon 2 donor splice-regionen (A22 = c.66A>C, c.66A>G, c.66A>T og D23H) samt Trp31 (W31G, W31L og W31C), der begge er kritiske for BRCA2’s funktion. Samtidig viste flere varianter et neutralt eller intermediært fænotype, hvilket fremgik af CRISPR-Select-assayet, der blev kalibreret mod kendte benigne og patogene kontrolvarianter.

”Når vi kan give en præcis diagnose, kan vi behandle målrettet. For kvinder, som er bærere af en sygdomsdisponerende variant, kan vi behandle dem forebyggende i form af tidlig opsporing og forebyggende kirurgiske indgreb. Det kan vi ikke, så længe man ikke med sikkerhed ved, om en mutation fører til sygdom,” siger Maria Rossing.

Et væsentligt aspekt af studiet er, at data fra de funktionelle tests nu indgår i internationale databaser, hvor de kan anvendes globalt af klinikere og forskere, når patienter med netop disse VUS udredes.

”Når forskere eller læger, uanset hvorfra i verden, fremover søger på de 54 varianter i databaserne, kan de se vores klarificering. Det her har betydning langt udover de danske patienter,” siger Maria Rossing.

Metoden er endnu ikke fast implementeret i klinisk rutine, men forskerne fremhæver, at resultaterne markerer et afgørende skridt mod mere præcis og individualiseret genetisk rådgivning.